La vegetación de los alrededores de la laguna Concepción actualmente se encuentra en un estado crítico de conservación, en el sentido ecológico. Los factores ecológicos que regulan y mantienen su singularidad como ecosistema están siendo alterados, por la deforestación y el desagüe rápido de las aguas de los bosques, que normalmente deberían permanecer más tiempo en el suelo. Los ecosistemas que rodean la laguna, pertenecen a distintos tipos de vegetación que necesitan de la humedad del suelo, por tanto, los canales de drenaje construidos para evacuar y drenar el agua en las zonas de cultivo, están quitándole humedad al suelo, y por ende, alterando su funcionamiento como ecosistema dependiente del agua.

Si el desagüe continúa, las especies que dependen de la humedad, paulatinamente irán muriendo y serán sustituidas por otras especies que abundan en suelos menos húmedos, es decir, se altera la composición del bosque a mediano plazo, si es que la deforestación no se lleva dichos remanentes de bosque.

Según un análisis rápido y básico de la deforestación de los alrededores de la laguna Concepción, utilizando una imagen del año 2022 y el mapa de vegetación de Navarro & Ferreira (2008), las series de vegetación (tipo de bosque) más afectados y que podrían ser clasificados como En Estado Crítico son:

• Palocruzal de las llanuras aluviales antiguas de los ríos Quimome y Otuquis.
• Bosque sobre suelos mal drenados con Palma Sao.
• Bosque chaqueño transicional de la llanura aluvial del rio Quimome

Y los que podrían ser clasificados como Estado muy crítico, son:

• Bosque chaqueño transicional de llanura aluvial sobre suelos mediano a imperfectamente drenados, variante del norte.
• Bosque de llanura aluvial del sur de la chiquitania occidental, sobre suelos bien drenados.

Si bien estas categorías son discutibles, ya que son establecidas en base a criterio propio y por conocimiento del área, son válidass, porque el avance de la deforestación sobre estos tipos de vegetación los está llevando a un camino sin retorno. Así, se está perdiendo toda la biodiversidad que estos bosques albergan, además, si comparamos el avance de la deforestación, tomando como base los límites del mapa de Navarro & Ferreira (2008), se nota que gran parte de su cobertura original se ha visto disminuida hasta marzo del 2022, según imagen Sentinel-2.

Además, de la pérdida total del ecosistema por deforestación, el segundo mayor problema es la pérdida de conectividad, ya que el Área protegida laguna Concepción, es un área de contacto entre la ecorregión de la Chiquitania y la ecorregión del Chaco, sirviendo de puente entre ambas ecorregiones, permitiendo que aves, mamíferos y otros grupos puedan mantener un flujo genético entre distintas poblaciones.

Los problemas asociados con la deforestación no solo están relacionados a la pérdida de vegetación, sino, a una muerte lenta del ecosistema, ya que en los pocos parches de vegetación que quedan entre los cultivos, la fauna trata de sobrevivir, y debido a que no existe control vehicular en los caminos existentes, se observa muerte de aves y mamíferos por atropellamientos, sumado a los biocidas y fertilizantes utilizados por los agricultores, el panorama para la fauna aún es más sombrío.

En las charcas naturales que existen dentro del bosque, se tiene registrado tres especies de peces endémicas y de distintas categorías de conservación, y que solo se las conoce en la llanura asociada al río Quimome y laguna Concepción, dichas especies son: Papiliolebias ashleyae, Spectrolebias pilleti (especie categoría Vulnerable) y Neofundulus splendidus (Categoría Datos insuficientes).

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